Der Hauptsitz der Denkmal Stiftung Thurgau ist das Bauteillager in Schönenberg an der Thur. Zwei weitere Standorte sind aktuell für die Denkmal Stiftung Thurgau von grosser Bedeutung. Einerseits die Fischerhäuser in Romanshorn, die bereits restauriert sind und für Ferien im Baudenkmal vermietet werden. Andererseits steht in Tägerschen der ehemalige Freisitz (Schloss), der im Besitz der Denkmal Stiftung Thurgau ist und ebenfalls restauriert worden ist und jetzt einer neuen Nutzung zugeführt werden soll.